Интересное наблюдение:
У меня fluxfox 0.9.14. Перед стартом флюкса, из ~/.fluxbox/startup стартуют некоторые программы, три из них ложатся в систрей: kmix, amarok и sim. В ~/.fluxbox/init есть такая строчка как session.screen0.toolbar.height: 0 , которая отвечает за высоту тулбара. Если указан 0, то высота подбирается автоматом, а точнее она зависит от размера шрифта используемого в оформлении тулбара.
Дык вот, пока у меня стоял 0, все было ок, но потом меня достало, что иконки программ в систрее видать на половину, шрифт у меня мелкий и они обрезаются с верху и справа. После того как я указал в строке цифру 20, все стало красиво, иконки в трее видать в полный рост, но. Теперь после запуске я заметил что иногда в трее исчезает какой-нибудь один значок и на его месте остается пустое место, хотя сама программа работает. Методом тыка я выяснил что такое происходит из-за sim, видимо подглючивает из-за того что размеры его иконки меньше размера иконок kmix и amarok.
Опытным путем было установлено

что: если в строке session.screen0.toolbar.height стоит четное число, например 20, то значки глючат, если не четное - все ок. Поставил себе 21

и дольше века длится день...