Для счастья нужны патчи как на серверной, так и на клиентской стороне. При вин-клиенте
эти патчи OSS-компонентов nxagent+nxwin возможно сделать технически и юридически. Они сделаны.
Для родного лин-клиента связка выглядит nxagent+nxagent. Да только на общую беду клиентский агент прилинкован к закрытому коду менеджмента сессий статически. Что делает невозможным пропатчить его легально. Нелегально это также не сделано (наверно потому, что мои организации еще не доросли до рабочих станций под линуксом

Вся надежда на opennx. Как только местные гуру (не буду показывать пальцем) выдадут рабочую сборку, поправить клипборду в клиентском агенте несложно. Что и будет мною сделано с удовольствием.
Различия в поведении разных серв. платформ (убнту vs суся) вызваны только различными способами настройки локализации в них. Codepage, LC-*, ..., и запускаемые из кучи мест скрипты, все это хозяйство меняющее, создают свой неповторимый букет на каждой системе.
Гнусные подозрения о причастности freenx (nxserver - оттуда) к безобразию с буфером должны быть отметены. Менеджмент сессий не может иметь отношения к клипборде, кроме как косвенно - это еще несколько мест, откуда могут быть запущены скрипты (см. предыдущий абзац).
Конкретный разбор того, что там в клипборде откуда берется и куда девается в разных вариантах, здесь будет опущен. Знающий буквы, да прочтет его в теме. Сам уже стер пальцы по плечи об этом писать.