загружаются в память при работе программы. Структура тут типа пирамидальной -
библиотеки более высокого уровня используют библиотеки низших уровней. С
приложениями бывает по-разному, как правило, приложения с большей
функциональностью требуют библиотеки более высокого уровня и, соответственно,
"простые" приложения можно написать на "низкоуровневых" приложениях.
Ещё совет - посмотреть, какие библиотеки использует бинарник, можно командой
ldd. Обычно по названию библиотеки понятно, к чему оно относится, если нет -
копать базу установленных пакетов.
Базовой библиотекой любой нормальной юниксоидной системой является "общая
библиотека языка C" - libc. В линуксах как правило используется GNU-реализация
- glibc.
Если говорить про графические, т.е. иксовые приложения, то базовыми для них
является иксовые же библиотеки - (см. /usr/X11R6/lib/). Простые программы, типа
twm, xclock и многие другие, начинающиеся на x, используют только иксовые
библиотеки и могут работать под "голыми" иксами. Это, кстати, иллюстрация
традиции - давать приложениям, использующие определенные библиотеки,
характерные префиксы (см. ниже).
Графические библиотеки более высокого уровня - gtk, qt, другие: sdl (особенно
ее любят писатели игрушек), fltk, motif, xforms ну и прочие в том числе и
экзотические библиотеки. Они предоставляют гораздо более широкие возможности по
стандартизации интерфейса, например, и многое другое. Для gtk-приложений часто
используется префикс g (который путается с префиксом, означающим GNU) и gtk,
для qt - q или qt, который редко с чем путается

ситуация схожая.
Window Manager - приложение, осуществляющее контроль за положением окон, и не
более того. Может быть написано с использованием самых разных библиотек. Обычно
включает меню приложений, панель задач, несколько рабочих столов и т.п.
GNOME и KDE - Desktop Environments, т. е. рабочие среды, построенные
соответственно на gtk и qt. С точки зрения программиста, это - библиотеки
более высокого ровня, чем gtk и qt, предоставляющие ещё больше возможностей.
Помимо wm, который, кстати, может быть разные внутри одного de, содержит
прикладные программы, тесно интегрированные между собой. Эти прикладные
программы построены уже не просто на библиотеках gtk и qt, а на гномовских и
кдешных библиотеках. Префиксы - g-, gnome- и k-, kde-.
Упомяну такую штуку как однородность среды. Чем меньше разных библиотек
одновременно используется, тем меньше нагрузка на систему, включаю дисковое
пространство, и использование памяти для работы. Поэтому выгоднее использовать
приложения, построенные на одной и той же библиотеки. При этом они обычно
гораздо лучше интегрируются, имеют схожий интерфейс. Настройки библиотеки
влияют на вид всех приложений, использующих эту библиотеку, есть еще themes и
engines, позволяющие изменять внешние вид всех приложений, использующих эту
библиотеку.
С gtk и qt еще такая штука: если приложений, использующих gtk без GNOME,
наверное больше, чем гномовских, то чисто-qt приложений - по пальцам
пересчитать, они, как правило, все тесно интегрированы с kde.
XFCE также претендует на звание полноценного de, и ещё они сейчас работают над
отрывом gtk от их библиотеки.