Разработчики вайна не рекомендуют запускать программы прямо с виндового раздела, а также пользовать вайн из-под рута. При запуске с виндового раздела могут вылазить баги, сам с таким сталкивался что при запуске с виндового раздела у меня софт под вайном просто не запускался, а с линуксового все ок.
Откройте для себя ntfs-3g и почитайте мануал, там описано как под обычным пользователем монтировать виндовые разделы на чтение/запись.
Вайн принадлежит тому от чьего имени его запускаешь, в домашнем каталоге пользователя создается каталог .wine в котором вайн и живет.