Если имена (каталоги) пользователей разные -- без проблем. Если один -- рискованно: одна версия программы может не понять настройки другой версии этой же программы.
Чтобы использовать одни документы и настройки, которые целенаправленно хочешь пересечь -- установить один UID и прилинковать, хранить можно в третьем каталоге или в одном из пользовательских.
Когда я попробовал после установки Gentoo из-под Debian использовать уже существующий домашний каталог -- серьёзных проблем не было (хотя могло быть и хуже), но в Gentoo панели инструментов в OpenOffice оказались полосатыми. После создания нового пользователя с чистым каталогом проблема исчезла.
