">" - это не параметр grep, это переадресация вывода в файл, поддерживается самим шеллом, независимо от выполняемой команды. Вместе с переадресацией, команда означает: найти строки, соответствующие шаблону template в файле, имя которого содержится в переменной $foo, и записать их в файл с именем в $bar вместо вывода в терминал.