Сравнивает с содержимым оригинального тарбола.
Это должно было бы быть не прямо в этом файле, а в другом.
Оно, которое изменяет — это не то оно, которое ругается. Изменяет какой-то сборочный скрипт, написанный авторами программы, а ругается dpkg-buildpackage, потому что ему на момент начала сборки нужны неизменные исходники.
Если файл есть в исходном архиве, то это, наверное, неправильное решение.
Удаляется. Ругается уже при проверке, что файла не стало (то есть опять расхождение с оригинальными исходниками), но, так и быть, попробую собрать, что выйдет. Видимо, при этом восстанавливается оригинальный файл из тарбола (точно не знаю, лень проверять).
Логика понятная и описанная в документации dpkg-buildpackage (а также debhelper, GNU make и т. д. — чтобы полностью понять, что происходит, надо хорошо владеть всеми используемыми инструментами).
P. S. Взяли бы версию hello посвежее, там, глядишь, сборочные скрипты будут себя вести более адекватно.