Качать можно чем угодно. Хоть Far Manager-ом с ftp...
Что качать - это более интересный вопрос.

emerge -pef system как раз даст списочек скачиваемых файлов. Главное - чтобы было, где его запустить.
А перед запуском emerge лучше всего в make conf еще и прописать адресочек вашего зеркала. Потом этот список URL-ов вы отдаете любому download-еру, и он вам все утянет.
Как вариант не попробовать, можно утянуть оба universal iso-шника gentoo для своей архитектуры (athlon, полагаю

) и поставиться со stage3. Потом уже, имея работающую систему, и все настроив, можно будет смотреть в сторону пересборки из stage1 (если нужно).
У меня на похожем конфиге полная пересборка в свое время заняла около трех дней. Плюс - я все это время имел работающую и настроенную систему (собирал под chroot-ом из поставленной системы). Потом скопировал нужные файлы из старого /etc в новый, свернул свежесобранную систему в тарбол, загрузился с LiveCD, отформатировал раздел и развернул новую систему. Получилось 3 дня подготовки и 10 минут переустановки, считая время перезагрузки.
