Для меня кстати загадка, почему эти файлы не удаляются автоматически? Это-же сессионные файлы php. По идее по окончании сессии они должны уничтожаться..
Debian does not use the default garbage collector for sessions. Instead, it sets session.gc_probability to zero and it runs a cron job to clean up old session data in the default directory.
As a result, if your site sets a custom location with session_save_path() you also need to set a value for session.gc_probability, e.g.:
Извиняюсь за некропостинг, но в общую копилочку, для тех кто не знает, можно удобно наблюдать за процессом удаление файлов используя утилиту watch. Она через определенные интервалы времени (задаются параметром -n секунды) делает обновление идущей далее команды.
Так очень удобно в соседнем терминале наблюдать за процессом удаления: