Доброго всем времени суток!
Есть тут кто, использующие программы Gromacs для моделирования, желательно белков?
Отзовитесь!
GROMACS (обсуждение)
Модератор: Модераторы разделов
-
Gena_Zakharov
- Сообщения: 195
- ОС: Kubuntu/Debian/Gentoo
Re: GROMACS
Работаю с громаксом примерно год. В основном релаксирую пептиды в воде. Сейчас пытаюсь настроить расчет свободной энергии.
Еще работаю с NAMD-ом.
Если нужно что-то конкретное, спрашивайте. Но не факт, что я всегда смогу ответить. Пока сам еще чайник.
Еще работаю с NAMD-ом.
Если нужно что-то конкретное, спрашивайте. Но не факт, что я всегда смогу ответить. Пока сам еще чайник.
-
alexxy
- Сообщения: 11
- ОС: Gentoo GNU/Linux
Re: GROMACS
Zergunchick писал(а): ↑05.12.2009 00:23Доброго всем времени суток!
Есть тут кто, использующие программы Gromacs для моделирования, желательно белков?
Отзовитесь!
Ну допустим я =)
плотно работаю с gromacs примерно с версии 3.0 (лет 5-6 уже)
Gentoo Team Ru Leading Coordinator
Gentoo Dev
Gentoo Dev
-
Zergunchick
- Сообщения: 81
Re: GROMACS
О, наши люди подтягиваются! :-) Здравствуйте, коллеги!
Я только начинаю gromacs осваивать. Проблем 2.
1) У меня ноут и особо на нем не разгонишься, поэтому я договариваюсь за время на кластере. Естественно, времени на физическом кластере мне, биологу, много не дадут. Поэтому я твердо должен знать, что я хочу сделать и какими командами пользоваться, и так, чтобы случайная ошибка в синтаксисе не стоила кластеру часа работы. Курю мануалы :-) а что ж делать... Но есть такая потребность - потренераоваться на своем ноуте перед выходом в кластер. Подскажаите пожалуйста какие-то учебные задачи, желательно не расствор соли в баночке, а что-то с простеньким белочком. Коротеньким, значительно меньше моего (450акз) - иначе моя двухядерная скотинка опухнет, я уж пробовал, поверте....:-).
2) Стоит конкретная задача промоделировать два белка порядка 400-500акз, получить поверхности, произвести докинг (ак последовательность сайта взаимодействия для одного известна, определена фагдисплеем пептидов, для второго - пока не нашел), оценить свободную энергию. Далее - переписать вручную последовательность так,чтобы она мешала взаимодействию (поменять гидрофобику на заряженные, например), после чего получить .pdb и повторить докинг с расчетом. Желательный результат - чтобы нифига не взаимодействовало (относительно "офигенно большая" свободная энергия комплекса). Есть предположение, что белок с известной последовательностью интерфейса взаимодействия (она линейная)можно заменить пептидом, чтобы не сдохла лошадка :-) Так ли это? И вообще - реализуема ли подобная задача в gromacs?
Я только начинаю gromacs осваивать. Проблем 2.
1) У меня ноут и особо на нем не разгонишься, поэтому я договариваюсь за время на кластере. Естественно, времени на физическом кластере мне, биологу, много не дадут. Поэтому я твердо должен знать, что я хочу сделать и какими командами пользоваться, и так, чтобы случайная ошибка в синтаксисе не стоила кластеру часа работы. Курю мануалы :-) а что ж делать... Но есть такая потребность - потренераоваться на своем ноуте перед выходом в кластер. Подскажаите пожалуйста какие-то учебные задачи, желательно не расствор соли в баночке, а что-то с простеньким белочком. Коротеньким, значительно меньше моего (450акз) - иначе моя двухядерная скотинка опухнет, я уж пробовал, поверте....:-).
2) Стоит конкретная задача промоделировать два белка порядка 400-500акз, получить поверхности, произвести докинг (ак последовательность сайта взаимодействия для одного известна, определена фагдисплеем пептидов, для второго - пока не нашел), оценить свободную энергию. Далее - переписать вручную последовательность так,чтобы она мешала взаимодействию (поменять гидрофобику на заряженные, например), после чего получить .pdb и повторить докинг с расчетом. Желательный результат - чтобы нифига не взаимодействовало (относительно "офигенно большая" свободная энергия комплекса). Есть предположение, что белок с известной последовательностью интерфейса взаимодействия (она линейная)можно заменить пептидом, чтобы не сдохла лошадка :-) Так ли это? И вообще - реализуема ли подобная задача в gromacs?
-
Gena_Zakharov
- Сообщения: 195
- ОС: Kubuntu/Debian/Gentoo
Re: GROMACS
Практически все действия, кроме собственно расчета, можно выполнять на ноуте. Поэтому на кластере можно запускать только mdrun
Если нужно сделать предварительной расчет то можно пускать на домашнем компе mdrun, но делать расчет без PME (получится заметно быстрее).
Что касается свободной энергии, то мне попадался какой-то громадной мануал, как ее считать. Этот талмуд я не осилил, поэтому точно сказать не могу.
Тестовая задача = набираете любой пептид из 6-10 а.к., либо нить РНК в 10 нуклеотидов (можно с инвертированным повтором)
Пихаете в воду, и релаксируете.
Я считал участок Ab-пептида. 16 а.к. Прогнал 10 нс за 4 дня.
Если нужно сделать предварительной расчет то можно пускать на домашнем компе mdrun, но делать расчет без PME (получится заметно быстрее).
Что касается свободной энергии, то мне попадался какой-то громадной мануал, как ее считать. Этот талмуд я не осилил, поэтому точно сказать не могу.
Тестовая задача = набираете любой пептид из 6-10 а.к., либо нить РНК в 10 нуклеотидов (можно с инвертированным повтором)
Пихаете в воду, и релаксируете.
Я считал участок Ab-пептида. 16 а.к. Прогнал 10 нс за 4 дня.
-
Zergunchick
- Сообщения: 81
Re: GROMACS
В итоге я не стал заморачиваться и имея аминокислотную последовательность нативного белка и созданного мной мутанта сделал *.pdb expasy
Должен сказать, сносно получилось.
Следующим этапом была визуализация. Для нее я использовал PyMOL (Ubuntu 9.10 repository). Им же произвел alingment и выделение мутантных аминокислот (на структурных и поверхностных моделях). Кому интересно, ман по паймолу очень хороший и называется так: Visualizing Protein Structures A Practical Introduction to PyMOL
ИМХО, он более полный и структурированный, чем Вики по данной теме.
На первом этапе для построения белковой последовательности, поиска ОРС, подбора праймеров использовал фришный CLC Sequence Viewer 6.3 Он есть на разные платформы - Windows, linux, Mac OS. Понравился хороший набор рестриктаз, в общем, утер нос платному Vector NTI :-)
П.С.
Не обижайтесь. что я расписал так детально - если вам это хорошо известно, то просто пропустите, а новичкам будет польза.
П.П.С.
господа админы, не судите за оффтоп, поскольку все эти программы, хоть и не являются GROMACS, но так же необходимы для работы биоинформатиков, и составляют единую рабочую цепь с GROMACS. Вы же ради трех биоинформатиков не будете делать раздел форума: биоинформатика? :-) Или будете? :-D
П.П.П.С
Буду благодарен за полезные ссылочки на ресурсы по GROMACS, маны, обучалки и прочее.
Должен сказать, сносно получилось.
Следующим этапом была визуализация. Для нее я использовал PyMOL (Ubuntu 9.10 repository). Им же произвел alingment и выделение мутантных аминокислот (на структурных и поверхностных моделях). Кому интересно, ман по паймолу очень хороший и называется так: Visualizing Protein Structures A Practical Introduction to PyMOL
ИМХО, он более полный и структурированный, чем Вики по данной теме.
На первом этапе для построения белковой последовательности, поиска ОРС, подбора праймеров использовал фришный CLC Sequence Viewer 6.3 Он есть на разные платформы - Windows, linux, Mac OS. Понравился хороший набор рестриктаз, в общем, утер нос платному Vector NTI :-)
П.С.
Не обижайтесь. что я расписал так детально - если вам это хорошо известно, то просто пропустите, а новичкам будет польза.
П.П.С.
господа админы, не судите за оффтоп, поскольку все эти программы, хоть и не являются GROMACS, но так же необходимы для работы биоинформатиков, и составляют единую рабочую цепь с GROMACS. Вы же ради трех биоинформатиков не будете делать раздел форума: биоинформатика? :-) Или будете? :-D
П.П.П.С
Буду благодарен за полезные ссылочки на ресурсы по GROMACS, маны, обучалки и прочее.