Пересобирал его несколько раз через emerge -1 — ничего не изменилось.
Началось все, кажется, с обновления Python с 2.6.6 на 2.7.1... С ним явно связана другая странность: python-updater из раза в раз пересобирает три пакета: app-office/dia, dev-libs/boost-1.42.0-r2 и app-emulation/emul-linux-x86-medialibs. Каждый из них переустанавливается без ошибок, но следующий запуск python-updater снова ставит их на пересборку.
Версия 3.2.12 — все то же самое. Если модули просто не подгружать:
Kernel driver not installed (rc=-1908)
The VirtualBox Linux kernel driver (vboxdrv) is either not loaded or there is a permission problem with /dev/vboxdrv. Please reinstall the kernel module by executing
'/etc/init.d/vboxdrv setup'
as root. Users of Ubuntu, Fedora or Mandriva should install the DKMS package first. This package keeps track of Linux kernel changes and recompiles the vboxdrv kernel module if necessary.