[Решено] Не собирается LAMMPS (не находятся хидеры)

Софт под Linux, разные программы, но только связанные с Linux

Модератор: /dev/random

Аватара пользователя
kt315e
Сообщения: 318
ОС: Debian 11

[Решено] Не собирается LAMMPS

Сообщение kt315e »

Собираю программу молекулярной динамики LAMMPS

Код: Выделить всё

$ make g++
make[1]: Entering directory `/home/user/lammps-9Nov11/src/Obj_g++'
g++ -g -O  -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DFFT_FFTW   -c angle_charmm.cpp
In file included from angle.h:18,
                 from angle_charmm.h:24,
                 from angle_charmm.cpp:20:
pointers.h:25:17: error: mpi.h: Нет такого файла или каталога
<-----много ошибок----->
make: *** [g++] Ошибка 2

configure у дистрибутива нет, просто выбирается необходимая цель, в данном случае g++.
mpi.h лежит здесь /usr/lib/openmpi/include/mpi.h
Как лечить эту ситуацию? Есть ли стандартный или обычно применяемый подход?
Создавать ссылки? Прописывать пути в переменных окружения?
Я обычно просто правил исходники, но для больших пакетов это нехорошо.
Систма Debian 5.0 Lenny.
Спасибо сказали:
Аватара пользователя
Bizdelnick
Модератор
Сообщения: 21430
Статус: nulla salus bello
ОС: Debian GNU/Linux

Re: [Решено] Не собирается LAMMPS

Сообщение Bizdelnick »

А что, симлинка /usr/include/openmpi нету? Если есть, то нужно в исходниках поправить mpi.h на openmpi/mpi.h.
Пишите правильно:
в консоли
вку́пе (с чем-либо)
в общем
вообще
в течение (часа)
новичок
нюанс
по умолчанию
приемлемо
проблема
пробовать
трафик
Спасибо сказали:
Аватара пользователя
kt315e
Сообщения: 318
ОС: Debian 11

Re: [Решено] Не собирается LAMMPS

Сообщение kt315e »

Задал пути в CPLUS_INCLUDE_PATH в текущем сеансе:

Код: Выделить всё

 CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/lib/openmpi/include
 export  CPLUS_INCLUDE_PATH

Скомпилировалось. Теперь не линкуется: библиотеки libmpl не видит. Не могу понять в каком пакете она.
Спасибо сказали:
Аватара пользователя
Bizdelnick
Модератор
Сообщения: 21430
Статус: nulla salus bello
ОС: Debian GNU/Linux

Re: [Решено] Не собирается LAMMPS

Сообщение Bizdelnick »

kt315e писал(а):
19.11.2011 14:04
CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/lib/openmpi/include

Ну как минимум

Код: Выделить всё

CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/include:/usr/lib/openmpi/include
Пишите правильно:
в консоли
вку́пе (с чем-либо)
в общем
вообще
в течение (часа)
новичок
нюанс
по умолчанию
приемлемо
проблема
пробовать
трафик
Спасибо сказали:
Аватара пользователя
Bizdelnick
Модератор
Сообщения: 21430
Статус: nulla salus bello
ОС: Debian GNU/Linux

Re: [Решено] Не собирается LAMMPS

Сообщение Bizdelnick »

А вообще RTFM, step 5.
Пишите правильно:
в консоли
вку́пе (с чем-либо)
в общем
вообще
в течение (часа)
новичок
нюанс
по умолчанию
приемлемо
проблема
пробовать
трафик
Спасибо сказали:
Аватара пользователя
kt315e
Сообщения: 318
ОС: Debian 11

Re: [Решено] Не собирается LAMMPS

Сообщение kt315e »

Похоже часть файлов брал из OpenMPI, а часть из MPICH.
Создал систему под chroot-ом. Обновил до Debian Sid. Собрал в ней из исходников MPICH.
После чего умолчательно откомпилировалось.
Спасибо сказали: