awua
Сочетание символов "&&" в командной конструкции означает... правильно, что команды, расположенные за ним, выполнятся только при успешном завершении команды, расположенной до него. В вашем случае окно программы и не сможет двигаться, так как команды xdotool и wmctrl смогут выполниться лишь после того, как вы это самое окно закроете. ;)
Я просто опробовал указанную автором темы команду в терминале и она отработала в полном соответствии с принципом наименьшей неожиданности: сначала запустился kcolorchooser и bash начал ожидать его завершения, чтобы потом запустить (или не запустить) то, что было указано после "&&". Да и честно признаться, ни разу еще не сталкивался с тем, что GUI-приложение форкается после запуска. Всякий раз при запуске такового из терминала приходилось закрывать окно приложения, чтобы вернуться в оболочку. Впрочем, мне приходилось запускать GUI-приложения из терминала только для того, чтобы выяснить, что в него выдается в случае каких-либо глюков приложения. А такое случалось крайне редко. :)
Впрочем, мне приходилось запускать GUI-приложения из терминала только для того, чтобы выяснить, что в него выдается в случае каких-либо глюков приложения.
P. S. По теме: мне удалось выполнить нужные вам действия, запустив kcolorchooser в отдельном экземпляре оболочки: