Gromacs (Осваиваем Gromacs)

[znamenski]

Вопрос тем, кто знает Gromacs от новичка.
Я построил * .itp файл в автоматизированном построителе топологий ( АТБ ) http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/index.py?tab=home_tab для новой молекулы , так что теперь у меня есть два файла : * .pdb и * .itp .
Теперь я хочу проверить эту единственную молекулу, запустив моделирование броуновской динамики .
Какой шаг ( простой ) должен быть дальше?
mdrun или grompp ?
Пожалуйста подскажите командную строку для этого случая .


To whom who know gromacs from a beginner.
I built *.itp file in the Automated Topology Builder (ATB) http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/index.py?tab=home_tab for a new molecule, so now I have two files: *.pdb and *.itp.
Now I want test this single molecule by running the Brownian dynamics simulation.
A which step (simplest) has to be the next?
mdrun or grompp?
Give please command string for this case.

#gromacs

[Bizdelnick]

Я GROMACS не пользовался, но согласно документации для mdrun нужен файл .tpr, который создаётся grompp.

[cypherpunks01]

Вопрос тем, кто знает Gromacs от новичка.
Я построил * .itp файл в автоматизированном построителе топологий ( АТБ ) http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/index.py?tab=home_tab для новой молекулы , так что теперь у меня есть два файла : * .pdb и * .itp .
Теперь я хочу проверить эту единственную молекулу, запустив моделирование броуновской динамики .
Какой шаг ( простой ) должен быть дальше?
mdrun или grompp ?
Пожалуйста подскажите командную строку для этого случая .

описано
http://geektimes.ru/post/247934/