в файлы /etc/apache2/modules.d/79_modsecurity.conf и /etc/apache2/modules.d/80_modsecurity-crs.conf
Оба файла у меня есть, но опции APACHE2_OPTS в них нет. Также на странице https://wiki.gentoo.org/wiki/Apache/ru дают вообще другой файл, без этой опции
Shell
<IfDefine PHP>
# Это относительно ServerRoot (смотрите httpd.conf).
Include ../../../var/lib/eselect-php/mod_php.conf
APACHE2_OPTS в /etc/conf.d/apache2 и используется, вероятно, как часть командной строки при запуске демона Apache. `-D PHP` определяет переменную `PHP`.
`<IfDefine PHP>` настраивает Apаche и модуль PHP, если Apache был запущен с опцией `-D PHP`. Файл с `<IfDefine PHP>` включается куда-нибудь в основной файл конфигурации, навроде httpd.conf.