Добрй день!
Имеется довольно большой проект собирающий несколько библиотек и приложений зависимых друг от друга, сейчас используется самописный Makefile, но, по ряду причин, хотелось бы перейти на более продвинутые cmake/autotools.
Пример хотелки на примере qmake
Про autotools советую даже не думать. В них, конечно, всё (ну почти) можно сделать, дело не в этом, а в создаваемой ими помойке. И при необходимости статической линковки бывают сложности.
CMake благополучно отслеживает зависимости, не требуя их дополнительного указания. То есть если, например, для цели прописана линковка с какой-то библиотекой, то он сначала соберёт эту библиотеку. Если какой-то генерируемый файл является исходником другой цели, то он будет сгенерирован заблаговременно. Для экзотических случаев можно прописывать зависимости вручную. Но не между подкаталогами, а между целями, в каких каталогах они определены — неважно.