В общем то не только под Linux. Дело в том что я в основном пишу на Java и иногда мне требуется писать высокопроизводительные части программы, которые потом используются в связке с Java. Т.е. библиотеки для Java, скомпилированные и для Linux и и для Windows.
Только под Linux я собираюсь писать мелкие утилиты для себя на базе Qt и кое-что с OpenGL. Тоже в общем-то кроссплатформенные программы.
А я бы на вашем месте остался на Java. Т.к. программировать на С++ под Linux намного сложней. А что касается производительность, то GUI ведь можно делать и на SWT (он использует нативные либы) ну или если уж совсем приспичит - gnome-java, а остальные куски кода - через JNI. В итоге вы получите понятный и быстроработающий код