Боюсь как бы тема не вылилась в очередной холивар (
По поводу отличий:
Первое что должно броситься в глаза это различные библиотеки на которых строятся эти Интегрированные Оконные Среды (

)
KDE использует Qt
GNOME и Xfce построены на GTK+
Xfce на данные момент содержит меньшее количество интегрированных продуктов.
Думаю стоит почитать статьи в инете.
Я постараюсь не высказывать личное мнение.
Три причины использовать GNOME
Три причины использовать KDE
KDE vs GNOME: еще одно размышление на вечную тему
Пара цитат из этих статей
любые сравнительные оценки удобства использования KDE и Gnome носят абсолютно субъективный характер.
Заключение исследования было на первый взгляд противоречащим. На первом месте оказался "облегченный" рабочий стол (Xfce), который использовал меньше памяти, чем два других. Очевидно, что разработчики Xfce проделали огромную работу, чтобы свести использование памяти к минимуму.
Но далее последовал сюрприз. Когда были запущены реально используемые приложения, победителем оказался KDE. Запуск браузера и офисных приложений вызывали увеличение размеров GNOME и Xfce до размеров KDE.
Лично я, при работе с интегрированными средами, стараюсь использовать приложения для той среды в которой в данный момент я работаю.
Тоесть работая в GNOME я использую только qtk+ программы
работая в KDE только те программы которые используют Qt