почему активны настройки которые прописанны в гноме, а не эти?
и куда гноме прописывает настройки сети?
гном - это окружение рабочего стола. Оно не может никуда ничего прописывать. За настройки сети в гноме отвечает программа Network Manager. Находится он по умолчанию в трее (значок двух черненьких мониторчиков). Если хочется настроек сети вручную, то надо отключить запуск этой программы (Система - Параметры - Запускаемые приложения и там снимаем галку с NM).
Простые решения для Ubuntu-подобных систем: смотрим тут