1. Надежность.
Ну на первых порах я думаю ничего надежным не будет, если ты возмешся изучать новую систему(помню как сам когда начинал знакомиться с xBSD/Linux, постоянно запаровал систему, приходилось переставлять ее, это сейчас я понимаю что для оживления ОС требовалось всего-то конфиги немного обычно поправить.) Когда разберешся, все от тебя будет зависеть. А так систему обе надежны. Просто из-за того что Fedora стоит на переднем крае разработок с ней может быть много проблем.
2. Возможность быстрого и безболезненного обновления.
4. Удобство в установке/удалении ПО.
И там и там удобно если инет есть. В FreeBSD : ports+portupgrade, в Linux в зависимости от дистрибутива apt-get,yum,emerge,slackget... К Fedora помоему есть apt репрозитарии
3. Наличие драйверов для устройств.
Смотря какие устройства, у меня только тв-тюнер под FreeBSD пока не удалось завести на чипе saa7134(кто-нибудь настраивал Beholder TV 403 на 5.4?)
Но лучше проверь список поддерживаемого оборудования обеими системами.
5. Быстродействие.
6. Возможности Back-up.
7. Использование как среды для программирования (Java, Perl, PHP).
Тут обе системы имхо равны, тк на десктопе особой разницы между xBSD и разными linux'ами заметить не удалось, Единственная проблема у FreeBSD была с тормознутой ata подсистемой, хотя если ты дома постоянно не копируещь данные туда судя то все ок будет. В 5.4 помоему исправили это.
8. Возможности исполнения приложений Windows (слышал про Wine) и, в частности, MS Visual Studio .NET. (может кто тестировал).
Тут поидее Linux впереди, тк под xBSD нет cedega для игр.
9. Наличие необходимого ПО как встроенного так и с возможностью доустановки.(почтовики, броузеры и т.п.).
Опять же если есть интернет то никакой разницы не заметишь. Но вот если его нет, то FreeBSD с ее 2 cd может показаться скудно укомплектованой. Но и в зависимости от дистрибутива linux тоже может показаться бедноватым в базовой версии(например Ubuntu с 1 cd без интернета.
А вообще не слушай тех,кто кричит X говно а Y круто. Попробуй и xBSD и Linux и выбири себе систему потом, которая больше понравиться. Я вообще раза 2 в год дрейфую с xBSD на linux и обратно, при этом еще иногда ставлю какую-нибудь 2-ую ос(там новый дистрибутив linux'a или новую версию xBSD) что бы посмотреть на нее(благо раздел свапа в 2 гига позволяет наего место поставить

). Тут главное сделать правильный backup конфигов и нужных данных.