Кста, у меня однажды тож трабла подобная с Фрёй вышла.
После чего я просто начал ставить никсы на отдельный от винды винт (сейчас винты небольшого объема можно купить совсем недорого).
В итоге на мастере стоит винда, на слейве Деб и Фря, а рулится оно, как уже сказал, GRUB-ом в mbr.
А вообще ИМХО лучше сделать так: поставить диск №1 местером, проинсталлить винду (ну или если уже стоит, то этот шаг пропустить

). Далее переставить диск №1 на слейв, поставить диск №2 на мастер. Проинсталлить туда все чего душа пожелает. Рулить тем же GRUB-ом на диске №2.
Немного геморно и на первый взгляд непонятно, но налицо очевидные плюсы:
- установка никсов никак не повлияет на сохранность виндовых разделов.
- цела виндовая mbr
- при отказе любого из дисков имеем работоспособную машину (т.к. если полетит винт №2 с никсами, стоящий мастером, делаем активным винт №1 и грузим винду как ни в чем не бывало).
Все никак руки не доходят эту перестроку в своем зоопарке замутить....
