Checking `lkm'... You have 1 process hidden for readdir command
You have 5 process hidden for ps command
Warning: Possible LKM Trojan installed
Checking `rexedcs'... not found
Checking `sniffer'... eth0: not promisc and no PF_PACKET sockets
Checking `w55808'... not infected
Checking `wted'... unable to open wtmp-file wtmp
Checking `scalper'... not infected
Checking `slapper'... not infected
Checking `z2'... not tested: not found wtmp and/or lastlog file
Если на сервере стоит апач с популярным сайтом, то его процессы довольно часто создаются и отмирают. Или любой другой сервис процессы которого часто запускаются. На такое chkrootkit и ругается так. Т.е. если он ничего конкретного не находит - опасности нет.
