Это просто предупреждение, что на момент вызова инициализации LVM сервис lvmetad ещё не запущен, но его использование включено в конфигурационном файле. В связи с этим возникают несколько вопросов.
1. По умолчанию lvmetad отключён - вы сами его включили? Что выводит $ grep use_lvmetad /etc/lvm/lvm.conf?
2. Какая система инициализации используется? Если systemd, что выводит $ systemctl is-enabled lvmetad.socket?
# See the use_lvmetad comment for a special case regarding filters.
# This is incompatible with lvmetad. If use_lvmetad is enabled,
# Configuration option global/use_lvmetad.
# If lvmetad was running while use_lvmetad was disabled,
# it must be stopped, use_lvmetad enabled, and then started.
use_lvmetad = 1
Хм, видимо, в stretch включили lvmetad по умолчанию.
Раз у вас используется сокет-активация этого сервиса, а приведённое вами предупреждение, судя по коду, выводится лишь в случае отсутствия сокета, т. е. systemd ещё не успел его создать, значит, данные сообщения относятся к ранней стадии загрузки. Может, вообще к стадии initrd. Когда примерно они появляются: сразу после начала загрузки или спустя какое-то время? И вы уверены, что при выключении это новые сообщения, а не старые? И выложите куда-нибудь вывод # journalctl -b.
В принципе, данные сообщения безвредны и означают лишь то, что из-за недоступности на тот момент сервиса lvmetad активация LVM была проведена собственными силами.
Две строки появляются на пару секунд почти сразу после загрузки ядра, дальше уже появляется SDDM. Причем с ядром 4.0.0-2 подобных предупреждений нет. А с 4.1.0-1 - присутствуют.
По поводу новые или старые сообщения при выключении машины - сказать точно не могу. journalctl -b приложен.
В журнале этих строк нет, значит, они появляются ещё до запуска журнала, а так как он запускается очень рано, то, скорее всего, всё происходит ещё в initrd. Естественно, никаких lvmetad ещё не запущено, поэтому и появляются эти сообщения. Это вполне нормальное поведение.
Отсутствие этих строк с другим ядром может быть вызвано различиями в их образах initrd.