Когда я ввожу команду sudo dnf update -y, то

[SerW]

... обновляется ли этот пакет:

Shell

flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo && flatpak install flathub com.anydesk.Anydesk -y

?

[Bizdelnick]

А с какой стати он должен это делать?

[SerW]

Bizdelnick
Тогда, как его обновить?

[Bizdelnick]

Так, как обновляются флатпаки. Я не знаю, как именно. Попробуйте почитать документацию, я бы начал с man flatpak.