В общем установлен фтп сервер vsftpd, человек заходит по фтп - не может стереть папку, заходит через ssh - может. В чём может быть проблема? Настройки специфической для папок я в конфигурации не нашёл.
Права доступа на все папки 755, человек является owner'ом папок. Кстати просто файлы удалются и через фтп и через ssh, а вот папки только через ssh.